Trường Tiểu học Lý Thường Kiệt được thành lập ngày 28/11/2005 (Theo quyết định số: 2088/2005/QĐ-UB của UBND quận Long Biên) do cô giáo Trần Thị Hiền làm hiệu trưởng. Khi đó, trường có 14 cán bộ, giáo viên, nhân viên và 445 học sinh/12 lớp.
Tháng 1 năm 2011, cô giáo Trần Thị Hiền nghỉ hưu theo chế độ. Cô giáo Hoàng Thị Bích Thu – phó hiệu trưởng nhà trường được bổ nhiệm làm hiệu trưởng.
Đến tháng 10 năm 2012, trường có 16 lớp học từ khối 1 đến khối 5 với 754 học sinh do thầy giáo Nguyễn Văn Kỳ làm hiệu trưởng .
Tháng 5 năm 2017, trường có 22 lớp, với số học sinh toàn trường là 1067 em, số học sinh tăng gần gấp 2,4 lần. Ủy ban nhân dân quận Long Biên đã quyết định tách thành 2 trường: Trường Tiểu học Lý Thường Kiệt và Trường Tiểu học Gia Thượng. Số học sinh nhà trường năm học 2017- 2018 là 614 em/ 15 lớp.
Đến tháng 8/2021, trường có 20 lớp học với 784 học sinh do cô giáo Nguyễn Thúy Hà làm hiệu trưởng.
Hiện nay, trường được tu sửa cải tạo, xây dựng khang trang gồm 3 dãy nhà 4 tầng bề thế có đầy đủ phòng học và phòng chức năng, khu hiệu bộ, khu thể chất, bếp ăn, sân chơi... với trang thiết bị hiện đại đáp ứng chương trình giáo dục phổ thông 2018.
Trong nhiều năm qua, nhà trường đã không ngừng ổn định và phát triển. Số lớp, số học sinh tăng dần hàng năm, Trường Tiểu học Lý Thường Kiệt đạt danh hiệu Tập thể lao động tiên tiến cấp quận, Trường tiên tiến về TDTT, Chi bộ trong sạch vững mạnh, Công đoàn hoàn thành tốt và hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ.
Thành tích trong 5 năm gần đây (từ năm học 2019 – 2020 đến năm học 2023- 2024) của nhà trường:
* Về giáo viên:
+ Có 24 lượt cán bộ, GV đạt danh hiệu “Chiến sĩ thi đua cấp cơ sở”.
+ Cấp quận: có 13 GV đạt GV dạy giỏi cấp quận (trong đó có 01 giải Nhì; 04 giải Ba); 01 GV đạt giải Nhì và 01 GV đạt giải Ba thi kĩ năng CNTT cấp quận; 01 giải Nhì cô giáo tài năng duyên dáng; 01 giải Nhì cuộc thi Duyên dáng áo dài VN qua ảnh.
* Về học sinh:
+ Học sinh tham gia các cuộc thi, các sân chơi trí tuệ; có 207 học sinh đạt giải cấp huyện và thành phố, 60 học sinh đạt giải quốc gia, 218 học sinh đạt giải quốc tế.
Trong đó: Cấp huyện, Thành phố: 19 giải Vàng (Nhất), 59 giải Bạc (Nhì), 92 giải Đồng (Ba), 40 giải Khuyến khích; cấp quốc gia: 5 giải Vàng, 9 giải Bạc, 20 giải Đồng, 26 giải Khuyến khích; cấp quốc tế: 14 giải Vàng, 30 giải Bạc, 102 giải Đồng, 72 giải Khuyến khích.
Chất lượng giáo dục đại trà và chất lượng học sinh mũi nhọn có nhiều chuyển biến rõ nét. Ghi nhận sự phấn đấu của nhà trường, ngày 19/01/2024, UBND thành phố Hà Nội đã ban hành quyết định số 221/QĐ-SGDĐT công nhận Trường Tiểu học Lý Thường Kiệt đạt chuẩn Quốc gia mức độ 1.
Với truyền thống lịch sử của nhà trường, sự quan tâm của các cấp lãnh đạo, thầy và trò Trường Tiểu học Lý Thường Kiệt tiếp tục phát huy truyền thống nhà trường, quyết tâm phấn đấu nâng cao chất lượng giáo dục, thành tích xây dựng nhà trường ngày càng phát triển xứng đáng với sự tin tưởng của các cấp lãnh đạo và phụ huynh học sinh.